中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。目前全国范围共有75所高校。
二十世纪末，经过高校管理体制的调整，中国高等学校形成了中央政府和省级地方政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。除少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。
教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校划归教育部管理，建国以来国家历次所确定的重点大学多为教育部直属高校。
教育部是管全国的教育资源分配的，教育部直属学校就相当于自己的亲儿子，各方面资源一般都会像自己的亲儿子倾斜。
胡乱比喻，希望能说明问题。